保密文件的清退和销毁是两种不同的概念。清退是指保密文件在规定保管期内，因完成了所需要的审批、传阅、归档等流程而被退回原单位或是被移交到档案室等组织的一个过程。在清退环节中，必须对保密文件做好查验然后进行清点，确保每份保密文件都已按规定流程处理完毕。
销毁是指保密文件已经过了保管期，无需再保留，要进行销毁处理的一个过程。在销毁环节中，必须对保密文件做好查验然后进行清点，确保每份保密文件都已过了保管期，并按规定的程序进行销毁。
因此，清退和销毁最大的区别在于时间与目的。清退是在保密文件保管期内完成流转操作后的归档过程，而销毁则是在保密文件保管期过后，按照相关规定展开的销毁处理。
以上，但不管是哪一种情况下，保密文件在过期后都会由第三方等销毁专业机构处理。另外保密文件是指有关单位或者个人应予保障的内容。依据法律规定，唯有在依法获得授权和审批后才能销毁。
